L'histoire du Pensionnat Naoko débuta il y a 21 ans, à la suite d'un évènement tragique ébranlant une famille japonaise assez influente : la famille Nakamura. Eikichi Nakamura, 29 ans, avait une carrière bien remplie, plus qu'exemplaire. En effet, il était - à l'aube de ses 30 ans - membre du conseil d'administration d'une grande entreprise de télécommunication. Ce parcours exemplaire se fit naturellement avec une éducation stricte, une bonne formation et bien entendu le talent propre à chacun. On pouvait dire que M. Nakamura était bourré de talents. Il avait de plus une vie privée et sentimentale épanouie, marié à une femme magnifique Naoko Nakamura, 27 ans, professeur de Physique à l'université de Todaï, la plus réputée du Japon. Mme. Nakamura donnera naissance deux ans plus tard à un fils qu'elle prénommera Asaki.

L'évènement tragique survint deux ans après la naissance d'Asaki : Naoko mourut, dans des circonstances que l'enfant ignore. Son père lui a dit qu'elle avait eu un accident de voiture, sans entrer dans les détails. Eikichi était complètement abattu, mais il s'efforçait de ne pas montrer sa peine : un homme de cette envergure et de cette éducation ne doit pas se permettre ce genre d'écarts. Cependant, plus rien ne fut jamais comme naguère. Il démissionna de son poste de rêve et chercha une manière de rendre hommage à sa défunte femme.

C'est ainsi qu'il eut l'ingénieuse idée de bâtir un Pensionnat, un Pensionnat tel que sa femme -professeur - l'aurait rêvé. En effet, elle était une enseignante qui faisait ses cours à sa manière, réussissant à capter l'attention de ses étudiants. L'établissement fût construit en deux ans, dans la ville de Sekai, une ville entourée de verdure. Le veuf le baptisa Naoko, du nom de sa femme. Le Pensionnat était équipé des technologies de dernier cri, il était situé dans un cadre idyllique, dans une petite ville charmante. Cependant, Eikichi ne demanda pas des frais de scolarité exorbitants si bien que tous ceux qui en avaient les compétences puissent les faire prospérer ici. M. Nakamura prit les rennes de l'école pendant 19 ans, lui bâtissant une solide réputation. C'est maintenant au tour de son cher fils Asaki de poursuivre son œuvre.

Ce Pensionnat avait pour particularité de ne pas avoir d'horaires aussi strictes que dans les autres établissements. On pourrait croire qu'avec autant de laxisme les résultats ne seraient pas au rendez-vous. Mais ce ne fut curieusement pas le cas. Un édifice bâti par un veuf éploré doit forcément cacher quelques secrets...